سازمان حکومتی در مالزی نسبتاً الگوبرداری از سازمان پارلمانی سیستم وست مینیستر، یا به عبارتی میراث حکومت استعمار بریتانیا است. اما در عمل، بیشتر قدرت در شاخه اجرائی دولت متمرکز می‌شود تا بخش مقننه آن، و قوه قضائیه در اثر حملات مداوم دولت در دوره مهاتیر تضعیف شده‌است. از زمان کسب استقلال در سال ۱۹۵۷، مالزی توسط یک ائتلاف چند نژادی تحت عنوان ناسیونال باریسان (قبلاً یک اتحاد بوده) اداره شده‌است.
مجلس مالزی شامل یک مجلس نمایندگان (Dewan Rakyat) (یعنی «خانه ملت») و یک مجلس سنا یا (Dewan Negara) (یعنی خانه کشور) می‌باشد. مجلس ۲۱۹ عضوی نمایندگان از طریق هیئتهای تک عضوی موکلانی انتخاب می‌شوند که اعضای آن برای حداکثر یک دوره ۵ساله برگزیده شده‌اند. قدرت قانونگذاری بین قانونگذاران فدرال و ایالتی تقسیم می‌شود. تمام ۷۰ سناتور آن برای مدت ۳ سال متصدی امور وکالت خود هستند؛ که ۲۶نفر از آنهلا از سوی مجامع ایالتی، ۲ نفر به نمایندگی از منطقه فدرال کوآلالامپور، یعنی ۱نفر از حوزه‌های فدرال لابوان و پوتراجایا، و ۴۰نفر باقی نیز توسط شاه منصوب می‌گردند. انتخابات پارلمانی مالزی دست کم یکبار در هر۵ سال برگزار می‌شود، که آخرین انتخابات عمومی آن در مارس ۲۰۰۴ برگزار شده‌است. سن رای دهندگان باید از ۲۱ به بالا باشد تا بتوانند برای اعضای مجلس نمایندگان و نیز بیشتر ایالات و نیز مجمع قضائی ایالتی رای بدهند. رای دادن اجباری نیست.
قدرت اجرایی در اختیار کابینه مالزی (هیئت دولت) به ریاست نخست وزیر است؛ و قانون اساسی مالزی تاکید می‌کند که نخست وزیر باید عضو مجلس پایین دستی، پارلمان مالزی باشد که بنابر نظر حاکم عالی می‌تواند به گروه اکثریت در مجلس دستور دهد. کابینه از میان اعضای دو مجلس انتخاب می‌گردد و مسئول اداره آن مرجع نیز می‌باشد.همچنین دولت مالزی در تلاش است که میزبانی جام جهانی ۲۰۳۰ را کسب کند.
دولت‌های ایالتی با ریاست وزرای عالی (Menteri Besar در ایالات مالایایی یا Ketua Menteri در ایالاتی که حاکمان موروثی ندارند) با شوراهای ایالتی (Dewan Undangan Negeri) و با رای شاهان و فرمانداران آنها برگزیده می‌شوند.